L’histoire de l’AEEI, Alliance des Eglises Evangéliques Indépendantes, débute avec l’arrivée d’Arthur et de Muriel JOHNSTON en France. Missionnaires de la TEAM, The Evangélical Alliance Mission, ils débarquent en France en janvier 1952. Un an plus tard, Rod, frère d’Arthur, et son épouse, France, les rejoignent envoyés par la Mission Young-Life. Les deux couples et leurs enfants déjà nés s’installent dans le Val de Marne. Dans cette France meurtrie par la guerre, qui se relevait péniblement, ils commencèrent à évangéliser les jeunes. Ainsi, dès l’automne 1953, un premier club réunissant une vingtaine de jeunes voit le jour. Arthur et Rod se rendaient fréquemment au Bois de Boulogne pour jouer au foot et au volley avec les jeunes, afin de leur parler de Jésus-Christ. Après deux de travail parmi la jeunesse, les deux couples rentrent aux Etats-Unis pour des congés. Ils reviennent en France avec un projet supplémentaire, implanter des Eglises. 

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Rod continua à travailler au sein de la jeunesse et créa l’association Jeunesse Ardente. Quant à Arthur, il commença à implanter des Eglises. Avec l’apport de monsieur et madame KAHAN, l’Eglise de Vitry-sur-Seine voit le jour. Puis, aidé et soutenu par madame DUFOUR, Arthur implanta l’Eglise d’Orly. Ce travail d’implantation d’Eglise se faisait avec la précieuse collaboration et les conseils avisés de messieurs Jules-Marcel NICOLE et Jacques BLOCHER de l’Institut Biblique de Nogent-sur-Marne. En 1958, l’AEEI est déclarée en association cultuelle à la Préfecture de Seine et Oise. Monsieur Jules-Marcel NICOLE rédigea les statuts et la confession de foi de ce qui deviendra une union d’Eglises. Monsieur Jacques BLOCHER donnera le nom AEEI à ce mouvement, car Arthur voulait une union d’Eglises indépendante du mouvement œcuménique très en vogue à l’époque. C’est l’origine du mot « Indépendantes » dans le sigle AEEI. Entre 1957 et les années 2000, plusieurs couples missionnaires de la TEAM rejoignirent Arthur et Muriel dans ce projet d’implanter des Eglises évangéliques en France. Pendant plusieurs années, l’AEEI travailla en étroite collaboration avec l’Eglise du Tabernacle à Paris. Le travail d’implantation débuta en Ile-de-France, particulièrement dans le sud de Paris, puis dans l’ouest. Ensuite, il s’est étendu en Normandie, puis en région Lyonnaise, Picarde. Deux centres de vacances, un au bord de la mer à Houlgate et l’autre en montagne à Chamrousse ont accompagné cette vision. 

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Arthur et Muriel ont quitté l’AEEI en 1982 pour fonder la Faculté de Tyndall en Hollandes. D’autres ont pris le relais et ont permis à l’AEEI de se développer et de faire des partenariats avec d’autres Missions comme GEM, Greater Europe Mission, et de créer un mouvement de jeunesse, Maranatha. En 2005, elle change de nom et devient : Alliance des Eglises Evangéliques Interdépendantes. La volonté du départ d’avoir des Eglises qui travaillent en étroite collaboration était donc précisée par ce changement. Depuis toutes ces années, l’AEEI n’a cessé de se développer. Aujourd’hui, elle travaille en régions dynamique avec toujours la même vision de ses origines : Etablir des Eglises qui se développent pour se multiplier. Pour cela, elle a mis en place plusieurs pôles d’actions visibles et décrits sur le site.